بهترین محیط برای نگهداری آجیل محیط خشک، خنک و کاملا بسته می باشد. چراکه گرما، رطوبت و آلودگی های ثانویه باعث فساد این محصولات می گردد.
رشد انواع کپک ها در آجیل در اثر شرایط نامناسب نگهداری می تواند برای مصرف کننده خطرات جبران ناپذیری در پی داشته باشد. یکی از انواع قارچ هایی که در این محصولات رشد می کند قارچ آسپرژیلوس می باشد که باعث تولید آفلاتوکسین که یکی از سموم بسیار مضر می باشد می گردد.
آسپرژیلوس جزء میکروارگانیسم های هوازی بوده از این رو با استفاده از روش بسته بندی اتمسفر اصلاح شده می توان اکسیژن را از دسترس این میکروارگانیسم خارج کرد و به این ترتیب از رشد این قارچ و در نهایت تولید آفلاتوکسین جلوگیری کرد.
همچنین با تزریق درصد های مناسبی از گاز های نیتروژن و دی اکسید کربن می توان مدت زمان ماندگاری این محصولات را افزایش داد و خواص ارگانولپتیکی انواع آجیل را برای مدت طولانی تری حفظ کرد.